Maestro MRPII ma własny system uprawnień, który umożliwia definiowanie ról (grup uprawnień) do funkcjonalności biznesowych. Poszczególnym użytkownikom lub rolom można ograniczyć dostęp nawet do poszczególnych wydruków i zestawień, np. do informacji o dostawcach surowców lub o kosztach magazynowych.

System ma możliwość automatycznej aktualizacji przez Internet, przy czym aktualizowane są tylko te części aplikacji (moduły), które tego wymagają.